L'Assemblée est l'autorité législative de l'EREJ. Cette dernière est composée de délégués issus des trois paroisses sises sur le territoire cantonal ainsi que des délégués de la paroisse transfrontalière de Moutier. Les sièges de l'Assemblée sont répartis en fonction du nombre de la taille des paroisses, respectivement:

• 13 délégués pour la paroisse de Delémont;
• 5 délégués pour la paroisse des Franches-Montagnes;
• 9 délégués pour la paroisse de Porrentruy;
• 5 délégués pour la paroisse de Moutier.

Charles Stauffer, Président de l'Assemblée, Vicques
Julien Ryf, Vice-président de l'Assemblée, Moutier
Jérémie Cortat, Secrétaire de l'Assemblée, Glovelier
Christine Kämpf, Scrutatrice, Alle
Jean-Philippe Mayland, Scrutateur, Moutier
Philippe Berthoud, Scrutateur suppléant, Porrentruy
Jeanne-Lyse Ryf, Scrutatrice suppléante, Moutier